18.10.2019

Ny publikation från Yrkeshögskolan Novia om mikrober i sura sulfatjordar

scientific data 3

Eva Högfors-Rönnholm och Sten Engblom vid forskning och utveckling (fokusområde hållbar energiteknik) på Yrkeshögskolan Novia har publicerat en ny artikel i tidskriften Scientific Data.

Artikeln beskriver en omfattande samling metagenom (DNA) och metatranskriptom (RNA) från jordprov tagna från olika zoner i en österbottnisk sur sulfatjord. Datainsamlingen kommer att kunna förklara skillnaderna i mikrobpopulationer och mikrobiell aktivitet i den försurade zonen, övergångszonen och de underliggande sulfidrika marina sedimenten och vidare förklara hur mikrober deltar i omvandlingen av en sulfidjord till en sur sulfatjord. Studien har delats upp i två delar och denna artikel är den första delen där själva provtagningen, gensekvenseringen och datainsamlingen beskrivs. I den andra delen, som håller på att färdigställas, kommer den biologiska relevansen av datainsamlingen att beskrivas. Datainsamlingen är unik i sitt slag eftersom det är första gången en metatranskriptom-analys gjorts på prov från sur sulfatjord.

Studien är ett samarbete mellan Högfors-Rönnholm och Engblom vid Yrkeshögskolan Novia, en forskargrupp vid Linnéuniversitetet i Kalmar ledd av professor Mark Dopson och Department of Energy (DOE) Joint Genome Institute i Kalifornien som utfört den kostnadskrävande sekvenseringen av metagenom och metatranskriptom.

Artikeln, som har varit en del av Högfors-Rönnholms postdoktorala forskning finansierat av Maj och Tor Nesslings stiftelse och Svensk-Österbottniska Samfundet r.f., är en open access artikel och kan läsas här: https://www.nature.com/articles/s41597-019-0222-3

Gå till "Nyheter "